После установки необходимых пакетов сделал обновление с перегенерацией world файла:
cl-update --rebuild-world ON --update-rev OFF --skip-egencache --skip-eix-update -p ON
После этого генерируется новый world файл по системным шаблонам. Разумеется при “emegre -c” будут удалены установленные мной пакеты. Что совершенно не допустимо.
Почему это проблема? Вы выполнили команду, которая пересоздала world файл, приведя его в соответствие с текущим на данный момент в Stage’ах.
Далее, чтобы по логу emerge восстановить те пакеты, которые вы устанавливали дополнительно, есть замечательная утилита `regenworld`, входящая в пакет sys-apps/portage.