Также в системе установлен sys-kernel/gentoo-sources. Хотя я специально с одного ядра на другое не переходил.
uname -a
Linux calculate 3.18.13-calculate #1 SMP PREEMPT Fri May 8 12:45:17 UTC 2015 x86_64 Intel® Core™ i3-3240 CPU @ 3.40GHz GenuineIntel GNU/Linux
uname показывает что загрузился с ядра кальки. Удаляется sys-kernel/calculate-sources уже второй раз.
/boot/grub/grub.conf - http://pastebin.calculate-linux.org/en/show/10973
/etc/default/grub - http://pastebin.calculate-linux.org/en/show/10974
Заметил потерю после того как по зависимостях sys-kernel/calculate-sources не притянулся splashutils поэтому вернулся на plymouth поставив два пакета sys-boot/plymouth и media-gfx/plymouth-themes-calculate.
Перезагрузкой все это не проверял