Проблема после обновления.

После последнего обновления (стоит сказать обновляюсь раз в месяц примерно), система попросила сделать emerge --depclean. При выполнение этой команды он удаляет почти всю систему. При этом в kde установилось все что могло (имеются ввиду kde игры и кучи не нужных kde приложений, которые без понятия как удалять пачками)

В чем может быть дело?

depclean удаляет всё, что не в world, покажите содержимое Вашего /var/lib/portage/world.
На будущее, лучше выполнять emerge -ac, в этом случае Вы будете видеть и контролировать удаляемые пакеты.

Вот все что в world

app-admin/conky
app-editors/sublime-text2
app-emulation/virtualbox-bin
app-emulation/wine
app-emulation/winetricks
app-misc/cl-kde-meta
app-misc/cl-nettools-meta
app-misc/cl-printer-meta
app-misc/cl-tools-meta
app-portage/eix
dev-java/icedtea-bin
dev-lang/python
games-emulation/pcsxr
kde-base/audiocd-kio
kde-base/kdegames-meta
kde-base/libkcddb
kde-base/marble
media-gfx/blender
media-gfx/gimp:2
media-gfx/inkscape
media-gfx/mypaint
media-gfx/nvidia-cg-toolkit
media-libs/libpng
media-sound/audacity
media-sound/deadbeef
media-video/cheese
net-dialup/wvdial
net-ftp/filezilla
net-im/qutim
sys-apps/calculate-desktop
sys-apps/ifplugd
sys-apps/preload
sys-apps/readahead-list
sys-apps/usb_modeswitch
sys-boot/calcboot
sys-boot/unetbootin
sys-kernel/liquorix:3.3.8_p1
www-client/opera
x11-drivers/nvidia-drivers
x11-misc/pcmanfm
x11-misc/slim
x11-themes/bespin
x11-themes/oxygen-gtk
x11-themes/qtcurve-qt4

в калько world должно быть

app-misc/calculate-meta

остальное, по необходимости, можно вынести в сеты.