После последнего обновления (стоит сказать обновляюсь раз в месяц примерно), система попросила сделать emerge --depclean. При выполнение этой команды он удаляет почти всю систему. При этом в kde установилось все что могло (имеются ввиду kde игры и кучи не нужных kde приложений, которые без понятия как удалять пачками)
depclean удаляет всё, что не в world, покажите содержимое Вашего /var/lib/portage/world.
На будущее, лучше выполнять emerge -ac, в этом случае Вы будете видеть и контролировать удаляемые пакеты.