Здесь я опишу несколько шагов, при помощи которых можно превратить Calculate Linux в Gentoo.
Хочу заметить, что все изменения, вносимые в Calculate Linux совместимы с Gentoo и удаление их несет чисто моральный характер, больше похожий на успокоения совести 
Последовательно выполните следующие шаги
# Переключите профиль, выполнив:
eselect profile set <номер>
Список доступных профилей можно получить командой “eselect profile list”.
# Удалите ссылку на обработчик bashrc:
rm /etc/portage/bashrc
# Удалите оверлей Calculate:
layman -d calculate
# Удалите утилиты Calculate:
emerge -C calculate calculate-client calculate-server calculate-lib
# Вам также может понадобится удалить некоторые пакеты, установленные из оверлея, такие как: sys-kernel/calculate-sources, app-misc/cld-meta, sys-apps/keyexec, sys-auth/pam_keystore. Последний уже включен в портежи.
После выполнения этих действий, часть пакетов вам придется либо размаскировать, либо установить более старые версии, стабильные в портежах. Например в портежах стабильным на момент написания статьи является KDE 4.3.5, а в CLD - 4.4.2. Поэтому если вы хотите использовать Gentoo без изменений, но иметь возможность быстро развернуть систему, используйте Calculate Linux Scratch с минимальным количеством изменений.